1. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo Thông tư số 96/2015/TT-BTC
Tùy vào mỗi sản phẩm, hàng hóa thủy sản là sơ chế hay chế biến sẽ có những chính sách thuế khác nhau, cụ thể:
Về thuế giá trị gia tăng, đối với sản phẩm thủy sản, hải sản chưa qua sơ chế hoặc chỉ qua sơ chế thông thường thì thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
Vẫn là sản phẩm này ở khâu thương mại, nếu bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã thì thuộc đối tượng không phải kê khai nộp thuế. Ngược lại, nếu bán cho các tổ chức, cá nhân còn lại thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng 5% theo quy định tại khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC.
Mặc khác đối với sản phẩm thủy sản đã sơ chế, hoặc chế biến thì thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng 10% theo quy định tại Điều 11 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
Về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp, đối với thu nhập của doanh nghiệp, hợp tác xã tự chăn nuôi thủy, hải sản chưa qua sơ chế, hoặc chỉ qua sơ chế thông thường tại địa bàn có điều kiện ưu đãi là thu nhập được miễn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 16 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (lưu ý rằng thu nhập được miễn thuế trong trường hợp này không bao gồm trường hợp doanh nghiệp hợp tác xã mua lại sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản).
Về thuế suất thuế ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với sản phẩm là chế biến thủy sản không thuộc địa bàn được ưu đãi là 15% theo quy định tại khoản 5 Điều 11 Thông tư số 96/2015/TT-BTC bổ sung khoản 3a Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC; thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp đối với sản phẩm là thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường không thuộc địa bàn được ưu đãi là 20%.
Căn cứ vào pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành không có quy định cụ thể thế nào là chế biến và thế nào là sơ chế thủy sản. Nhìn chung, hoạt động chế biến của doanh nghiệp thủy sản gồm 3 dạng:
+ Chế biến từ sản phẩm tươi sống để xuất khẩu;
+ Chế biến từ sản phẩm tươi sống thành sản phẩm chín;
+ Chế biến từ nguyên liệu có pha trộn gia vị phụ liệu.
Tuy nhiên, trong thực tiễn hiện nay khi thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp chế biến thủy sản, các cơ quan quản lý nhà nước ngành thuế sẽ kiểm tra thu nhập của doanh nghiệp thuộc hoạt động chế biến hay hoạt động sơ chế, và với cả 3 dạng chế biến trên, các cơ quan quản lý nhà nước ngành thuế đều không công nhận là sản phẩm “chế biến” mà chỉ là “sơ chế” khiến tỷ lệ phải nộp thuế của các doanh nghiệp thủy sản hiện tại (bao gồm cả sản phẩm sản xuất – xuất khẩu, tiêu thụ nội địa hay gia công) đều là 20% - không đúng với bản chất chế biến của ngành.
Kiến nghị:
- Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn nên có văn bản hướng dẫn để các mặt hàng/nhóm mặt hàng thủy sản của doanh nghiệp thuộc danh mục là hàng chế biến, thay vì hiện nay không có quy định rõ ràng nào nên khi Cục Thuế các địa phương xem xét đều đưa về sơ chế;
- Bộ Tài chính sớm xem xét có hướng dẫn cho phép cả 3 dạng hoạt động chế biến nói trên đều được xem là hoạt động chế biến của doanh nghiệp thủy sản và được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo Thông tư số 96/2015/TT-BTC.
2. Nộp thuế phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công, sản xuất – xuất khẩu cho 2 cơ quan quản lý nhà nước về thuế của Bộ Tài chính
Theo Thông tư 39/2018/TT-BTC thì từ ngày 5/6/2018, các doanh nghiệp phải nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường của phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công, sản xuất – xuất khẩu cho cơ quan hải quan.
Trong khi thuế thu nhập doanh nghiệp thì vẫn nộp cho cơ quan thuế nội địa (thuộc Tổng cục Thuế). Trước tháng 6/2018, các văn bản quy định của Bộ Tài chính đều thống nhất nộp cho 01 đơn vị là cơ quan thuế nội địa, thuận lợi cho doanh nghiệp (thủ tục hành chính, nguồn lực....).
Kiến nghị:
Chính phủ và Bộ Tài chính xem xét sửa đổi Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, theo đó, cho phép việc kê khai và nộp tất cả các loại thuế liên quan đến phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu, vật tư dư thừa đối với hàng gia công, sản xuất – xuất khẩu được nộp cho cơ quan thuế nội địa chứ không phải phân chia danh mục và nộp cho 2 cơ quan như hiện nay nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp thực hiện và không làm phát sinh thêm thủ tục hành chính.
3. Miễn thuế xuất nhập khẩu cho nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công
Theo khoản 4 Điều 10 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP quy định chỉ miễn thuế cho phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế nhập khẩu. Theo đó, việc quy định giới hạn trần 3% như hiện nay đã ảnh hưởng rất lớn đến quyền lợi của doanh nghiệp khi đây là nhóm đối tượng cần được xác định phải được áp dụng miễn thuế mà không xét đến tỷ lệ phần trăm tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu. Liên quan đến nội dung này, trước các kiến nghị của doanh nghiệp, Bộ Tài chính đã nhất trí tiếp thu và cam kết sẽ sửa đổi tại Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 134/2016/NĐ-CP theo đó bỏ quy định giới hạn trần 3% đối với việc miễn thuế cho phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa. Tuy nhiên, cho đến hiện nay vẫn chưa thấy Nghị định thay thế cho Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được phê duyệt.
Kiến nghị:
Nhằm kịp thời bảo vệ quyền lợi cho các doanh nghiệp thủy sản, Chính phủ cần sớm ban hành Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 134/2016/NĐ-CP. Theo đó, cần sửa đổi khoản 4 Điều 10 thành “Phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công được miễn thuế nhập khẩu khi tiêu thụ nội địa, nhưng phải kê khai nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan hải quan”./.
Duy Tồn